Kepengurusan Hidayatullah tingkat pusat adalah Dewan Pimpinan Pusat yang terdiri dari Dewan Syura, Pimpinan Pusat (PP), dan Majelis Pertimbangan Pusat. Ketiga unsur ini merupakan lembaga tinggi organisasi yang tunduk di bawah kebijakan Pimpinan Umum, KH. Abdurrahman Muhammad.

Ketua Umum Pimpinan Pusat dipilih melalui Musyawarah Nasional (Munas) lima tahun sekali. Struktur di bawah Pimpinan Pusat terdiri dari Pimpinan Wilayah (tingkat provinsi), Pimpinan Daerah (tingkat kabupaten/kota), Pimpinan Cabang (tingkat kecamatan) dan Pimpinan Ranting (tingkat Desa/Kelurahan).

Ketua Umum PP Hidayatullah periode 2010-2014 adalah Dr H Abdul Mannan dan Sekretaris Jenderal adalah Ir Abu A’la Abdullah, MHI. Majelis Pertimbangan Pusat terdiri atas sembilan orang dengan ketuanya Abdullah Ihsan. Sedang Dewan Syura terdiri atas 11 orang dengan ketuanya Drs Hamim Thohari M.Si.